二氧化碳培養箱能夠對溫度、二氧化碳濃度和濕度提供穩定的控制，以便于其研究工作的進展；二是要求二氧化碳培養箱能夠對培養箱內的微生物污染進行有效的防范，并能夠定期消除污染，以保護研究成果，防止樣品損失。
二氧化碳培養箱應由專人負責使用，操作盤上的任何開關和調節旋扭一旦固定后，不要隨意扭動，以免影響箱內溫度，二氧化碳濃度，濕度的波動，同時降低機器的靈敏度。箱子的放置要水平，避免陽光直射和灰塵等，要保證儀器周圍的氣流循環，后部及側面應留出5cm的空隙。加裝穩壓電源保證電源電壓波動不超過220V±10%。所加入的水必須是蒸餾水或無離子水，防止礦物質儲積在水箱內產生腐蝕作用，經常檢查箱內水是否足夠，水位應加至“水位指示燈”滅燈時為止。使用前箱內應用消毒酒精或碘溶液擦洗，防止其他微生物污染，導致實驗失敗。在房間安裝空調，使環境溫度保持在25~C左右。所使用的二氧化碳必須是純凈的，否則降低二氧化碳傳感器的靈敏度和污染二氧化碳過濾裝置。
二氧化碳培養箱箱內氣壓由二氧化碳氣體傳感器控制。二氧化碳傳感器正常反饋要求進氣壓為MedicalEquipmentVo1.22，No.40.06MPa。當箱內氣壓降低時，二氧化碳傳感器在低壓刺激下有節奏地開閉，向箱內慢慢充氣，當進氣壓達0.1MPa時，自動停止調節。如充氣方法不當，使進氣壓力增大，當超過0.1MPa甚至0.2MPa壓力，會損傷二氧化碳傳感器。開始這種損傷效應不明顯，不易察覺，反復錯誤操作，二氧化碳傳感器損傷累積終致命損壞，使氣壓調節失靈。因此，二氧化碳傳感器壽命與二氧化碳進氣壓大小有關，只要做好進氣壓調節，就能保護二氧化碳傳感器性能。二氧化碳傳感器價格昂貴，更換不易，所以一定要做好進氣壓調節，延長二氧化碳傳感器使用壽命。
箱內濕度對于培養工作來說是一項非常重要然而又經常被忽略的因素。因為飽和濕度環境可以避免培養液中二氧化碳逃逸，培養液中pH值穩定，有利于細胞生長，足夠的濕度水平并且要有足夠快的濕度恢復速度(如在開關門后)才能保證不會由于過度干燥而導致培養失敗。所以二氧化碳培養箱使用過程中，在箱內托盤中放一定量的滅菌水(3/2至全盤)，使箱內成為飽和濕度環境。如使用者忘記補加水，使培養細胞處于低濕度甚至干熱環境中，培養液二氧化碳氣體易揮發，液體pH值升高，影響細胞生長，在工作中要力求避免此問題發生。樣本多時，箱內分區存放，培養物用筐或瓷盤存放，這樣存取快速，縮短開門時間，減少箱內氣體和濕度變化，節省氣體，穩定了細胞生長環境。
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